苯并芘生成途径的理论计算及与DNA分子对接研究的中期报告

苯并芘生成途径的理论计算及与DNA分子对接研究的中期报告第一部分：理论计算苯并芘的生成主要是通过苯并二甲酸酐（PBA）在条件较温和的碱性条件下与苯环相互缩合所形成的，另外，PBA也可以通过交叉偶联反应

DNA 苯并芘生成途径的理论计算及与分子对接研究 的中期报告 第一部分：理论计算 苯并芘的生成主要是通过苯并二甲酸酐（PBA）在条件较温和的碱 性条件下与苯环相互缩合所形成的，另外，PBA也可以通过交叉偶联反 应生成，进而与苯环发生缩合反应。本研究使用了密度泛函理论（DFT） 的方法对这两种反应的可能生成过程进行了理论计算。 对于第一种合成途径，我们进行了分子动力学模拟计算，采用的是 B3LYP/6-311G**的水平，其中PBA和苯环的初始分子结构通过 Gaussian16计算得到。结果显示，在碱性条件下，PBA与苯环的相互 缩合反应比交叉偶联反应更为有利，而活化能也更低。具体计算结果将 在最终报告中给出。 对于第二种合成途径，我们从分子结构出发，将PBA分子与苯环分 别进行两次交叉偶联反应得到四个分子，并对其进行优化计算。然后， 通过两次切割反应使它们与苯环形成苯并芘分子。具体计算结果也将在 最终报告中给出。 第二部分：与DNA分子对接研究 苯并芘是一种强致癌物质，其与DNA的相互作用是导致其致癌性的 主要原因之一。本研究通过分子对接方法研究了苯并芘与DNA的相互作 用。 首先，我们根据文献中已有的实验数据，建立了苯并芘和DNA的分 子结构，并将其分别进行能量最优化。然后，利用AutoDockVina对苯 并芘和DNA进行对接计算。计算结果显示，苯并芘与DNA的结合位置 主要为直接与DNA碱基结合和插入式结合两种方式。具体计算结果将在 最终报告中给出。