天然无内含子mRNA转运出核顺式作用元件的预测与功能鉴定

天然无内含子mRNA转运出核顺式作用元件的预测与功能鉴定背景:mRNA转运出核一直是RNA领域的研究热点与难点,近些年的研究中发现mRNA中存在调控其转运出核的顺式作用元件[1]。在高等生物中,出核转

天然无内含子mRNA转运出核顺式作用元件的预测与功能鉴定 背景:mRNA转运出核一直是RNA领域的研究热点与难点,近些年的研究中发 现mRNA中存在调控其转运出核的顺式作用元件[1]。在高等生物中,出核转运与 剪接过程是关联十分密切的。 在mRNA发生剪接过程时,剪接复合体会直接招募出核转运复合体并共同完 成剪接与出核两种生命活动[2-5]。删除基因的内含子后,mRNA会因为剪接事件 的终止而被阻滞在细胞核内[6]。 所以在剪接与转运出核相偶联的mRNA中,内含子就成为转运出核的顺式作 用元件[7]。天然无内含子mRNA占全部mRNA的5%,其中包含着像干扰素、组蛋 白等对生物体的生命过程非常重要的基因[8]。 天然无内含子mRNA其本身因不具有内含子而不会发生剪接过程,那么这些 天然无内含子的mRNA是否同样存在转运出核的顺式作用元件呢?本实验室在之 前对4个天然无内含子mRNA(HSPB3、IFNα1、IFNβ1,、c-Jun)的研究中,发现4 条mRNA中的保守序列CAR-E(促细胞质区域聚集元件)能够促进已阻滞在细胞核 内的β-球蛋白cDNA转运出核[9]。那么在更大范围的天然无内含子mRNA中是 否同样存在这样功能的顺式作用元件?这些顺式作用元件的结合蛋白是什么?目 前的研究依然没有解决这些问题。 本文通过对天然无内含子mRNA转运出核机制的研究完善mRNA转运出核机 制。方法:1.通过生物信息学比对软件MEME对天然无内含子的mRNA数据库 (IntronlessGeneDatabase)进行比对,检索其中存在的共有片段。 2.将获取的共有片段与已验证阻滞在细胞核内的β-球蛋白的cDNA进行重 组连接,通过原位荧光杂交技术(FISH)寻找可以促进cDNA发生出核转运的片