lncrna芯片结果分析思路与方法

lncrna芯片结果分析思路与方法博医工具|史上最全lncrna芯片结果分析方法面对lncrna芯片检测结果报告中的复杂数据，我们该如何从中获取自己想要的信息。今天，百替生物将我们自己的工作经验分享给

lncrna芯片结果分析思路与方法 博医工具|史上最全lncrna芯片结果分析方法 面对lncrna芯片检测结果报告中的复杂数据，我们该如何从中获取自己想要的信 息。今天，百替生物将我们自己的工作经验分享给大家。 芯片分析的大体思路，从以下几个方面考虑： 1.我们最常看到的是聚类分析结果，通常是以热图的形式展现： 但这对我们来说是远远不够的，为了进行更加深入的分析，公司会对芯片数据进行 预处理，包括对实验数据质量评估，预处理及均一化处理等等。提供我们一份包含 检测结果的表格， 从这份表格中我们可以看出，芯片分析的结果包括lncrna和mrna，分别做差异表 达lncrna和mrna基因的筛选。芯片公司再根据这份初步的数据，对差异表达 lncrna及mrna的筛选：根据客户提供样本量的大小与分布或实验目的，应用倍数 法、多重假设检验等手段，对两条件或多条件下的表达差异的lncrna和mrna分 别进行计算和筛选。实现以下三种分析结果： （1）表达模式聚类分析：针对芯片结果进行样本及差异表达lncrna和mrna的聚 类，寻找属于同 百替生物技术有限公司 一表达趋势的基因或样本。 （2）go和pathway显著性富集分析。差异基因，应用数据库进行功能富集分 析，挖掘具有统计学意义的差异表达基因的功能类别。显著性p值越小，则它随 机聚集差异表达基因的概率越小，其功能相关性的非随机性就越小，该功能模块有 较大的可能与疾病（或药物作用）相关。 （3）蛋白互作网络分析。研究与指定蛋白质相互作用的其他蛋白质的信息，以使 研究人员能够更加深入地认清相关蛋白质的功能，更清楚地理解其调控机制。 呈现给我们的数据将会有以下几种类型： 2.差异lncrna的重注释 lncrna芯片注释不完善，需要将筛选出来的lncrna进行重注释。同时会对芯片所 检测的mrna信息进行注释。 3.lncrna作用机制的分析 （1）lncrnacis作用机制研究。对于感兴趣的差异表达lncrnas，搜索其上下游 100k范围内的所有编码基因，这些在基因组上临近、且表达模式上共表达的基因 很可能被该lncrnas所调控。 （2）lncrnatrans作用机制研究。计算lncrnas共表达的编码基因，集合与转录因 子/染色质调控复合物的靶基因集合的交集，利用超几何分布计算该交集的富集程