QTL定位中常见的12个问题

数量性状基因定位研究中若干常见问题的分析与解答 李慧慧 张鲁燕 王建康*中国农业科学院作物科学研究所/国家农作物基因资源与基因改良重大科学工程/CIMMYT中国办事处，北京100081摘 要：QTL

数量性状基因定位研究中若干常见问题的分析与解答 * 李慧慧张鲁燕王建康 //CIMMYT100081 中国农业科学院作物科学研究所国家农作物基因资源与基因改良重大科学工程中国办事处，北京 QTLQTL 作图是基因精细定位、克隆以及有效开展分子育种的基础，在利用作图开展数量性状基因 ： 摘要 LOD 定位研究的过程中经常会碰到一些问题，与统计方法有关的一些问题包括：的统计学意义是什么？检 QTLLODQTLQTL 测的可信度和临界值的关系是什么？如何评价不同的作图方法？提高检测效率的途径有 QTLQTL 哪些？与遗传参数估计有关的一些问题包括：的贡献率是如何计算出来的？如何确定有利等位基 QTL 因的来源？选择基因型分析的有效性如何？复合性状是否适宜于作图？与作图群体及遗传图谱有关的 QTLQTL 一些问题包括：作图群体中表型数据是否要求服从正态分布？加密标记是否可以显著提高检测功 QTLQTL 效？缺失分子标记对作图有什么影响？奇异分离标记对作图有什么影响？笔者试图结合我们多年 12 的研究工作对这些具有共性的个常见问题做出分析和解答，供科研工作者参考。 QTL 数量性状；作图；完备区间作图；似然比检验；功效分析 关键词： Analytical Answers to Frequently Asked Questions in Quantitative Trait Locus Mapping * LI Hui-Hui, ZHANG Lu-Yan, and WANG Jian-Kang Institute of Crop Sciences /National Key Facility for Crop Gene Resources and Genetic ImprovementCIMMYT China Office, Chinese Academy / 1 of Agricultural Sciences, Beijing 100081, China Abstract: QTL mapping is an important step in gene fine mapping, map-based cloning, and the efficient use of gene information in molecular breeding. Questions are frequently met and asked in the application of QTL mapping in practical genetic populations. Questions related to statistical method of QTL mapping are: what does LOD score mean? What is the relationship between the reliability of detected QTL and the LOD threshold? How to evaluate different QTL mapping 1(30771351) 本研究由国家自然科学基金项目资助。 Tel: 010-82106038; E-mail: lihuihui@caas.net.cn 第一作者联系方式： *(Correspondence author): 通讯作者王建康， 1