单细胞转录组测序技术及其在植物中的应用

单细胞转录组测序技术及其在植物中的应用单细胞转录组测序技术及其在植物中的应用随着生物学研究的深入，对生物体细胞个体间差异的研究成为越来越重要的课题。传统的基因表达分析方法往往将大量细胞混合在一起，无法

单细胞转录组测序技术及其在植物中的应用 单细胞转录组测序技术及其在植物中的应用 随着生物学研究的深入，对生物体细胞个体间差异的研究成为越来 越重要的课题。传统的基因表达分析方法往往将大量细胞混合在一起， single-cell 无法准确描述单个细胞的表达情况。单细胞转录组测序技术（ RNA sequencing, scRNA-seq ）应运而生，成为了揭示个体表达异质性的 有力工具之一。本文将介绍单细胞转录组测序技术及其在植物中的应 用。 一、单细胞转录组测序技术 RNA 单细胞转录组测序技术是一种基于高通量测序技术的单细胞表 scRNA-seq 达分析方法，其能够获得单一细胞的转录组信息。通常的测 序流程包括细胞捕获、转录本扩增、测序文库构建以及高通量测序等步 骤。具体过程如下： 1. scRNA-seq 细胞捕获：捕获单个细胞的方法主要有两种，即微流 microfluidic chipsflow cytometer 控芯片（）和流式细胞仪（），它们通 picoliternanoliter 过极小的反应体积（至级别）能够独立捕获单个细 胞。 2. RNA 转录本扩增：细胞捕获后，将细胞内含量提取并进行转录本 amplificationPCR 扩增（）。传统的扩增方法中主要采用逆转录扩增，这 种方法存在无法准确完成扩增的问题。现在经常采用选择性扩增和随机 MARS-seq 扩增相结合的方法抑制系统偏见（如），其更准确地重现转录 本信息并保持表达水平差异。 3. RNA 测序文库构建：单细胞转录组测序根据测序技术的不同可以 single-end sequencingpaired-end 分为单端测序（）和双端测序（ sequencingsingle molecule sequencing ），也有采用单分子测序（）的 Illumina10X GenomicsBGIPacBio 技术。目前常用的测序技术有、、及