金云台现已全面开启wgMLST二代测序数据分析服务

wgMLST——流行病学菌株分型的新标准一、wgMLST数据分析简介多位点序列分型（Multilocus sequence typing，MLST）是一种基于序列的微生物分子分型手段，其技术原理是通

wgMLST——流行病学菌株分型的新标准 一、wgMLST数据分析简介 多位点序列分型（Multilocussequencetyping，MLST）是一种基于序列 的微生物分子分型手段，其技术原理是通过测定7个管家基因的序列，并根据 每个位点序列的不同为其分配等位基因号，七个管家基因的等位基因号共同组 成了细菌的序列型（SequenceType，ST）。传统的基于7个管家基因序列的 多位点序列分型在过去的15年中已经证明其在细菌分型领域中不可或缺的作 用。 致病菌进化速度快，耐药基因变化大，传统分型方式跟不上疫情爆发的节 奏，菌株高精度分型wgMLST，以其高精度、高可靠性的分型结果，成为流行 病学菌株分型的新标准。wgMLST，全称为全基因组多位点序列分型(Whole GenomeMultilocusSequenceTyping)，是多位点序列分型（MLST）的一个拓 展方法，由于wgMLST包含更多的基因位点（1500-4000），因此相较于传统的 基于7个基因位点的MLST分型手段有着更高的精度及分辨率。随着二代测序 数据成本的降低，基于二代测序数据的分型手段正在逐渐替代传统的分子分型 手段。 二、wgMLST数据分析内容 1.原始下机数据处理此步骤过滤测序质量值低的reads，保留高质量 reads，进行数据质控； 2.样品组装使用Velvet算法进行基因组组装，得到能反映样品基因组基本 情况的序列文件，并对组装结果进行评价； 3.等位基因ID获取基于Assemblybased和Assemblyfree两种算法对基 因组内的基因位点进行等位基因ID号的获取； 4.功能注释针对编码基因序列进行不同数据库的功能注释和致病及耐药分 析等； 5.进化分析利用wgMLST数据构建高分辨率物种分型结果，对传染病的爆发 进行解释，分析目标菌种的群体结构和进化规律，为疾病预防和控制提供数据基 础；